Бионты (гидробионты) влияют на экосистемы водоёмов несколькими способами:

• Участие в процессах самоочищения. 1 Гидробионты, например, накапливают тяжёлые металлы, что способствует очищению водоёма. 1 Прибрежно-водные растения, в свою очередь, играют важную роль в самоочищении загрязнённых вод. 2
• Перераспределение радиоактивных изотопов. 1 Радиоактивные вещества, переносимые грунтовыми водами, дождевыми и паводковыми потоками, накапливаются в замкнутых водоёмах, поглощаются гидробионтами и оседают в донных отложениях. 1
• Определение экологического состояния водоёма. 2 Гидробионты выступают в роли биологических индикаторов качества водной среды, отражая сложившиеся в водоёме условия среды. 2
• Участие в круговороте веществ. 4 Организмы зоопланктона обеспечивают перенос вещества, способствуя круговороту органических и неорганических веществ в экосистемах. 4
• Участие в деградации и детоксикации загрязняющих веществ. 3 Бактерии играют ведущую роль в этих процессах, способны метаболизировать большую часть искусственных химических соединений, используемых человеком. 3