Биохимический критерий влияет на дифференциацию видов, позволяя различить особей по их внутривидовым биохимическим параметрам: свойству синтезировать белки, нуклеиновые и иные вещества. 1

Этот критерий основан на молекулярном сравнении различных видов, в первую очередь сравнении ДНК и белков, где с большой вероятностью можно определить, насколько близкими родственниками являются те или иные виды. 4

Например, виды растений могут отличаться по спектру синтезируемых алкалоидов, флавоноидов, эфирных масел, будучи очень близкими морфологически. 5

Однако этот критерий не универсален из-за трудоёмкости. 1 Также известны факты варьирования биохимических показателей под влиянием внутривидовой изменчивости — изменяется как последовательность нуклеотидов на отдельных участках ДНК, так и последовательность аминокислот в молекулах белков. 1