Бактериофаги влияют на экосистему водоёмов следующим образом:

• Нарушают классическую пищевую цепь. 1 Удаление из экосистемы части бактерий, уничтоженной фагами, уменьшает интенсивность перевода нерастворимого биогенного вещества в растворённое. 1
• Изменяют сообщество других микроскопических организмов. 1 Разрушение бактерий приводит к высвобождению органических веществ, за увеличением концентрации которых в среде следует изменение сообщества микроводорослей: одни из них отвечают на это активным ростом, «цветением», другие угнетены. 1
• Регулируют потоки вещества и энергии. 24 В результате вирусного лизиса бактерий значительное количество органического вещества не поступает на более высокие трофические уровни планктонной пищевой сети, а вновь используется бактериальным сообществом. 2
• Поддерживают разнообразие водных микроорганизмов. 4 Вирусы поддерживают своих же хозяев, обеспечивая их органическим углеродом и минеральными веществами. 4
• Играют роль посредников генетического обмена. 2 Вирусы являются посредниками генетического обмена внутри вида и между видами. 2