Бактерии в анаэробных условиях перерабатывают органические вещества в различных средах с помощью метаногенеза — сложного, многостадийного процесса. 5

На первом этапе факультативные микроорганизмы путём гидролиза и ферментативного расщепления превращают сложные органические вещества, в основном, в низшие жирные кислоты, аммиак, спирты и другие вещества. 5

На втором этапе метанобразующие бактерии превращают продукты первого этапа, главным образом, в метан, диоксид углерода и другие газы, образующиеся в малых количествах. 5

В строго анаэробных условиях органическое вещество лишь частично перерабатывается бактериями, что приводит к накоплению этилового спирта и различных органических кислот. 3

В природе этот процесс протекает в различных средах с анаэробными условиями, в рубце жвачных животных, в термитниках. 5

В аквариумах с растениями разложение органического вещества обычными (гетеротрофными) бактериями играет существенную роль. 3 Гетеротрофные бактерии разлагают органическое вещество на питательные вещества, доступные растениям. 3

В сточных водах для разложения и удаления органических загрязнений и отходов также используют анаэробные процессы, например, денитрификацию и сульфатредукцию. 5