Бактерии гниения способствуют круговороту веществ в природе, превращая отмершие части живых организмов в перегной — важную часть почвы. 4

В результате жизнедеятельности и гибели животных и растений в почву и водоёмы попадает много белковых продуктов. 1 Благодаря деятельности гнилостной микрофлоры эти продукты не накапливаются, а минерализуются и вновь могут быть использованы растениями. 1

Кроме того, гниение обогащает почву азотистыми продуктами. 2 В процессе гниения гниющие бактерии используют аминокислоты или мочевину в качестве источника энергии и производят ионы аммония. 5 Затем нитрифицирующие бактерии превращают этот аммоний в нитрат путём окисления, который может быть использован растениями для создания большего количества белков. 5