Бактериальные системы рестрикции и модификации защищают ДНК от чужеродных последовательностей следующим образом: 2

1. Бактерия отличает свою собственную ДНК от любой вторгающейся «чужеродной» по типу её модификации. 1 За «метку» отвечают метилирующие ферменты модификации, так называемые ДНК-метилазы. 1
2. Различие в модификации делает чужеродную ДНК чувствительной к действию рестрицирующих ферментов, которые узнают отсутствие метильных групп в соответствующих сайтах. 1
3. Если определённые нуклеотиды в последовательности не метилированы, эндонуклеаза рестрикции вносит в ДНК двуцепочечный разрыв, при этом биологическая роль молекулы ДНК нарушается. 2
4. В случае, когда метилирована только одна из цепей ДНК, расщепления не происходит, вместо этого метилтрансфераза добавляет метильные группы к нуклеотидам второй цепи. 2

Подобная специфичность систем рестрикции-модификации позволяет бактериям проводить селективное расщепление чужеродной ДНК, не затрагивая собственную. 2