Азотистые основания в РНК влияют на её вторичную структуру, формируя водородные связи. 15

При образовании вторичной структуры азотистые основания образуют комплементарные пары: 5

• цитозин и гуанин образуют три водородные связи; 5
• аденин и урацил — две водородные связи. 5

Такие пары оснований увеличивают стабильность молекулы: одиночные пары оснований термодинамически не стабильны, но формирование нескольких последовательных пар приводит к существенному увеличению стабильности, образуется стебель. 5

На третичную структуру РНК влияет взаимодействие элементов вторичной структуры. 5 Возможно образование дополнительных водородных связей между нуклеотидами или связей между ОН-группами остатков рибозы и основаниями. 5

Также на третичную структуру РНК часто влияют ионы двухвалентных металлов, например Mg2+, которые связываются не только с фосфатными группами, но и с основаниями. 5