Ауксотрофы и прототрофы используются в биотехнологических исследованиях по-разному:

• Ауксотрофы позволяют исследователям точно определить конкретные гены и пути, участвующие в биосинтезе, наблюдая за закономерностями роста мутантов с различными потребностями в питании. 1 Например, ауксотрофный штамм, не обладающий способностью синтезировать аминокислоту лейцин, потребует добавления лейцина для роста на минимальной среде. 1
• Прототрофы используются в качестве стандартного образца в генетических исследованиях и лабораторных экспериментах. 1 Они способны синтезировать все необходимые питательные вещества и могут расти на минимальной среде, содержащей только неорганические соли, источник углерода и воду. 1

Также потребность микроорганизмов в определённых ростовых факторах используется для дифференциации и идентификации бактерий, а также при изготовлении питательных сред для лабораторных и биотехнологических целей. 4