Арктический голец влияет на экосистему озёр и рек, где он обитает, следующим образом:

• Играет важную роль в структуре ихтиоценозов. 1 В водоёмах Северного Забайкалья гольцы представлены разными экологическими формами и играют роль балансиров в структуре рыбного сообщества. 1
• Использует кормовые ресурсы. 1 Арктический голец, являясь эврифагом и населяя все стации в водоёмах, наиболее полно использует довольно ограниченные кормовые ресурсы горных озёр. 1
• Служит индикатором качества вод. 3 Рыбы, населяющие пресные воды Субарктики, предъявляют высокую требовательность к качеству вод, и антропогенное воздействие вызывает быструю ответную реакцию. 3 Это позволяет считать их тест-объектами, отражающими состояние окружающей среды. 3