Архитектура ДНК влияет на конденсацию и организацию хроматина следующим образом:

• HMG-белки вызывают различные изгибы в ДНК, влияя на уровень компактизации нуклеосомной фибриллы. 5 Они могут способствовать либо, наоборот, препятствовать связыванию с ДНК различных транскрипционных факторов и других регуляторных белков. 5
• Специфические белки связываются с участками ДНК и образуют гигантские петли, или домены. 4 Таким образом, более высокий уровень организации хроматина связан не с его дополнительной спирализацией, а с образованием поперечной петлистой структуры. 4
• Бивалентные ионы (Са2+ и Mg2+) создают поле, которое распространяется не только вокруг нуклеосом и линкерных последовательностей, но и затрагивает области хвостов гистонов. 2 Таким образом, компактизация хроматина обеспечивается комплексом взаимодействий архитектурных белков и бивалентных ионов. 2