Аппарат Гольджи участвует в процессе апоптоза клетки следующим образом: во время апоптоза он разрушается первым среди клеточных органелл. 4

Расщепление каспазами матриксных белков (GRASP65, гольджин-160, GM130, p115, синтаксин 5 и гигантин), связанных с поддержанием структуры аппарата Гольджи, приводит к его фрагментации — потере отдельных резидентных ферментов, нарушению мембранного транспорта, изменениям в динамике микротрубочек и посттрансляционных модификациях белков. 4

На стадии апоптоза аппарат Гольджи распадается на мини-стопки, которые мигрируют к клеточной поверхности. 1 На терминальной стадии аппарат Гольджи необратимо везикулируется вблизи плазматической мембраны. 1