Апомиксис по-разному влияет на эволюцию высших растений:

• С одной стороны, он способствует сохранению вида и расширению его ареала. 5 Любой биотип, обладающий при данных условиях среды способностью к апомиксису, может благодаря этому воспроизводиться в массовом количестве. 4
• С другой стороны, апомиксис исключает генетическое расщепление. 4 Поэтому апомиктические формы образуют клоны, в пределах которых все особи обладают одинаковой генетической конституцией. 4 Изменчивость таких организмов незначительна, и материал для естественного отбора невелик. 3
• При частичном апомиксисе, когда часть потомства образуется половым путём, растения получают определённое преимущество от апомиксиса и при этом хотя бы частично сохраняют способность к генетическим рекомбинациям. 4

Таким образом, влияние апомиксиса на эволюцию высших растений зависит от его формы: полный апомиксис может рассматриваться как эволюционный тупик, а частичный — как механизм, с помощью которого растения достигают репродуктивного успеха. 45