Амебозои и опистоконты связаны между собой в эволюционном плане тем, что образуют единую самостоятельную эволюционную ветвь. 2 Это подтверждается сходством жизненных форм и генетическими исследованиями. 2

Эволюционная ветвь, состоящая из опистоконтов и амебозоев, называется Unikonta (одножгутиковые). 2 Связано это с тем, что у них один жгутик, в то время как у других эукариот жгутиков чаще всего два. 2

Амебозои идентифицируются как сестринская группа по отношению к Opisthokonta, другой крупной кладе, которая включает как грибы, так и животных. 1