Альтернативные стартовые кодоны влияют на инициацию трансляции следующим образом:

• Расширяют кодирующий потенциал матрицы. 5 В некоторых случаях рибосомы способны инициировать трансляцию на нескольких альтернативных стартовых кодонах, что позволяет синтезировать с одной мРНК два белковых продукта. 45
• Могут приводить к проскальзывающему сканированию. 4 Если в мРНК присутствует неоптимальный стартовый кодон, то сканирующая рибосома может пропустить его и продолжить сканирование дальше. 4 В результате, если следующий стартовый кодон расположен в той же рамке считывания, то рибосома будет синтезировать укороченный вариант белка. 4 Если же следующий стартовый кодон находится в других рамках считывания, то будет синтезироваться совершенно другой полипептид. 4