Альтернативные гены влияют на разнообразие и жизнеспособность организма следующим образом:

Разнообразие. 12 Альтернативные гены отвечают за развитие альтернативных признаков, внося существенное разнообразие в формируемые фенотипы дочерних особей. 1 Благодаря им поддерживается разнообразие белков в организме и стабильность генофонда. 1

Жизнеспособность. 12 Сбалансированное взаимодействие генов обеспечивает нормальное развитие организма, а также повышает его жизнеспособность, поскольку регулирует степень развития функциональной адаптированности организма к изменениям условий среды обитания. 1

Кроме того, горизонтальный перенос генов, который возможен благодаря альтернативным генам, расширяет диапазон изменчивости, необходимой для действия факторов естественного отбора. 3 Приобретение «чужих» генов в ряде случаев меняет направление эволюции вида, даёт толчок образованию новой популяции, способной вытеснить предсуществующий вид. 3