Альгология использует различные методы для изучения водорослей, которые определяются разнообразием целей и подходов исследования, а также эколого-морфологическим своеобразием представителей разных отделов и экологических группировок. 2

Некоторые из таких методов:

• Сбор фитопланктона. 2 Выбор способа зависит от типа водоёма, степени развития водорослей, задач исследования и имеющегося оборудования. 2
• Изучение видового состава фитобентоса. 2 Для этого извлекают некоторое количество донного грунта и отложений на нём. 2
• Сбор перифитона. 23 Налёт на поверхности разнообразных подводных объектов снимают с помощью обычного ножа или специальных скребков. 23
• Лабораторное изучение. 2 Для этого используют микроскоп. 2 Сначала материал просматривают в живом состоянии, изготавливают капельно-жидкие препараты. 2
• Флористический анализ. 4 Включает оценку таксономического разнообразия и структуры, экологического анализа флоры водорослей и других аспектов. 4
• Гидробиологические исследования. 4 Включают оценку гидробиологических показателей по содержанию хлорофиллов, изучение закономерностей сезонной сукцессии фитопланктона и перифитона и другие. 45
• Культивирование водорослей. 45 Включает выделение в альгологически чистые культуры, культивирование на жидких и твёрдых средах, а также методы сохранения живых водорослей из природных образцов. 45