Агроэкосистемы отличаются от природных экосистем в плане видового разнообразия тем, что в агроэкосистемах снижено количество видов живых организмов. 1 На полях обычно культивируют один или несколько видов (сортов) растений, что приводит к значительному обеднению видового состава животных, грибов, бактерий. 1 В природных экосистемах, наоборот, видов очень много, пищевые цепи разветвлённые. 4
В плане продолжительности существования агроэкосистемы менее устойчивы, чем природные экосистемы. 14 Без участия человека агроэкосистемы зерновых и овощных культур существуют не более года, многолетних трав — 3–4 года, плодовых культур — 20–30 лет. 1 Затем они сменяются естественным биогеоценозом. 1
Это связано с тем, что в природных экосистемах действует естественный отбор, отвергающий неконкурентоспособные виды и формы организмов, что обеспечивает устойчивость экосистемы. 1 В агроэкосистемах наряду с естественным действует искусственный отбор, направленный человеком на максимальное повышение урожайности сельскохозяйственных культур. 1