Система классификации живых организмов менялась со временем по нескольким направлениям:

• Первые попытки классификации были предприняты в Древней Греции, затем — Аристотелем и его учеником Теофрастом, которые объединяли всё живое в соответствии со своими философскими взглядами. 2 Растения были разделены на деревья и травы, а животные — на группы с «горячей» и «холодной» кровью. 2
• Карл Линней впервые использовал бинарную номенклатуру и делил природу на 3 царства (минералы, растения, животные), каждое из которых подразделялось на отряды, роды и виды. 1
• Ж. Б. Ламарк первым привнёс в систему классификации идею эволюции. 1 Он поделил всех животных на две основные группы: беспозвоночных и позвоночных, а затем разделил их на четырнадцать классов вместо шести, предложенных Линнеем. 4
• Жорж Кювье ввёл ископаемых организмов в систему органического мира. 1 Он делил животных на 4 типа организации, между которыми невозможны эволюционные переходы. 1
• Ч. Дарвин предложил понимать естественную систему как результат исторического развития живой природы. 2 Так возникла филогенетическая систематика, основанная на родстве организмов. 2
• В XX веке возникла «новая систематика», основанная на биологической концепции вида (Э. Майр). 1 Для неё характерен синтез морфологических, экологических, географических и генетических данных. 1
• С развитием электронной микроскопии и молекулярной биологии в середине XX века началась фундаментальная перестройка всей системы высших таксонов. 1 Было установлено резкое отличие бактерий и архей от всех остальных живых существ. 1
• В 1984 году Гордн Лидейл разделил мир живых организмов на 17 царств, большинство из которых возникли в результате распада царства протистов. 3

Трёхдоменная система была предложена в 1990 году, однако до сих пор не принята окончательно. 2