How can protein spot matching be improved to reduce false positives in two-dimensional gel electrophoresis?

Для улучшения сопоставления белковых пятен и снижения количества ложных положительных результатов в двухмерном гель-электрофорезе можно использовать следующие методы:

• Оптимизация протокола. proteomesci.biomedcentral.com Например, применение метода Тагучи позволило улучшить разрешение и воспроизводимость 2D-гелей, а также расширить диапазоны pI и размеров, в которых могут быть разрешены белки. proteomesci.biomedcentral.com
• Использование разных красителей. cyberleninka.ru Для повышения точности анализа белки можно окрашивать не одним красителем, например, Кумасси и нитратом серебра, или использовать флуоресцентные красители. cyberleninka.ru
• Изменение электрофоретических параметров. www.ibmc.msk.ru Чтобы повысить разрешение, можно на первом этапе проводить электрофорез в геле низкой концентрации полиакриламида, а на втором — в градиенте концентрации полиакриламида. www.ibmc.msk.ru
• Использование ингибиторов протеаз. cyberleninka.ru Они необходимы для предотвращения протеолитической деградации белков, которая приводит к появлению дополнительных полос на геле и снижению количества белка в основном. cyberleninka.ru
• Выбор подходящего рабочего буфера. molbioph.niif.spbu.ru Для эффективного разделения белков в электрическом поле pH выбранного буфера должен обеспечивать ощутимый заряд белковых молекул в пробе, а также ощутимую разницу в зарядах различных белков. molbioph.niif.spbu.ru