Молекулярные данные могут использоваться для идентификации таксономии видов следующим образом:

• Сравнение локусов генов или целых геномов. 1 Это позволяет восстановить эволюционную историю и определить взаимоотношения генов и геномов для группы организмов. 1 Например, молекулярная phylogenetics выявляет вариации в последовательностях со временем и помогает расшифровать связи между генами и геномами. 1
• Использование ДНК-технологий. 1 С их помощью строят филогенетические деревья и предлагают классификации на основе генеалогии. 1 Например, для этого применяют последовательности хлоропластных геномов, что помогает различать родственные таксоны растений. 1
• Применение методов генотипирования. 1 К ним относятся пульс-полевая гель-электрофорез, AFLP, RAPD, RFLP, риботипирование и другие. 1 Они позволяют получить полный генетический «отпечаток» микроорганизмов. 1

Также для идентификации видов можно комбинировать молекулярные и морфологические данные, например, с помощью convolutional neural networks. 3