Матрицы могут использоваться для моделирования химических реакций, например, для определения коэффициентов сбалансированной химической реакции. 24

Для этого решается система линейных диофантовых уравнений. 24 После определения коэффициентов можно сформировать сбалансированную химическую реакцию и использовать её для моделирования влияния различных коэффициентов на общую реакцию. 24

Также матрицы могут применяться для представления структуры реакции. 1 В этом случае используются так называемые электронно-связывающие матрицы, где строки и столбцы представляют количество и положение валентных электронов соответствующих атомов. 1