Виды бацилл в природе обитают в разных средах, например:

• В почве. 24 В 1 грамме почвы могут содержаться сотни миллионов бацилл. 4
• В воде. 24 Наибольшее количество бацилл находится в поверхностных слоях воды открытых водоёмов, ближе к берегу. 4
• В пищеварительном тракте животных и человека. 2 Многие бациллы участвуют в пищеварении, а некоторые (болезнетворные) — возбудители инфекционных болезней. 2

Также бациллы могут жить в мёртвых деревьях, опавших листьях, останках погибших животных, скелетах. 5

Таким образом, среда обитания видов бацилл разнообразна и зависит от конкретного вида.