Существует несколько гипотез о том, где на Земле могли зародиться первые пробионты: 2

• Первобытные океаны. 2 Согласно одной из гипотез, пробионты появились в результате постепенной химической эволюции из простейших органических молекул, таких как аминокислоты, нуклеотиды и липиды. 2 Эти соединения могли образовываться в первобытных океанах и постепенно объединяться в более крупные системы, проявляющие все большую сложность и свойства живого. 2
• Районы геотермальной активности на морском дне. 2 По одной из версий, первые пробионты могли зародиться в таких местах, где были оптимальные температуры и высокие концентрации химических элементов. 2
• Закрытые среды, например, пещеры, пласты глины, под ледниками. 1 Распространение пробионтов ограничивалось жёстким ультрафиолетовым излучением, проникавшим в открытые водоёмы на глубины до 5–10 м. 1

Гипотеза пробионтов не является общепринятой, и ряд учёных критикуют эту концепцию или предлагают альтернативные объяснения происхождения жизни. 2