Согласно одной из гипотез, протоклетки могли образовываться в наземных гидротермальных пресноводных средах, таких как гейзеры, грязевые котлы, фумаролы и другие геотермальные объекты. 1

В таких местах горячая гидротермальная жидкость выносит ионы на поверхность, а вода, насыщенная ионами цинка и марганца, могла собираться, охлаждаться и конденсироваться в неглубоких бассейнах. 1

Также протоклетки могли образовываться глубоко под водой, поблизости от выходов геотермальных источников, где имеется достаточно минеральных веществ, перемешивания, тепла и энергии для химических реакций. 4

Ещё одна возможная среда для образования протоклеток — озера в кратерах от метеоритов, которые состоят из элементов, необходимых для развития примитивной метаболической системы протоклеток. 1