Современные строматолиты образуются на мелководье тёплых морей и озёр, обычно в условиях повышенной солёности воды. 1

Процесс формирования происходит следующим образом: живые клетки цианобактерий группируются в холмики-колонии. 2 Такие колонии нарастают слоями снизу вверх. 2 Нижние слои отмирают, а верхние нарастают. 2 Пространство между живыми и отмершими слоями цианобактерий заполняется осадочными породами (песчаник, известняк) и уплотняется. 2 Таким образом формируются строматолиты. 2

Образователями строматолитов являются цианобактерии и другие виды бактерий; в постройке некоторых из них принимают участие и эукариотические водоросли. 4