Да, в описанной ситуации аттестат будет особого образца. 16

Согласно приказу Минобрнауки России от 14.02.2014 №115, аттестат об основном общем образовании с отличием выдаётся выпускникам 9 класса, имеющим итоговые отметки «отлично» по всем учебным предметам учебного плана, изучавшимся на уровне основного общего образования. 17

В данном случае, если за все четверти по предмету у ученика оценки «отлично», а за экзамен — «4», то среднее арифметическое получается 4,5 балла, и в аттестат идёт оценка «5». 1

Таким образом, даже при наличии одной или нескольких «четвёрок» на экзамене, если все годовые отметки — «5», аттестат особого образца будет выдан. 26