Инициацией мутации вируса могут быть:

• Спонтанные мутации. 1 Возникают под действием различных естественных мутагенов. 1 Чаще их можно наблюдать у ретровирусов, что связано с более высокой частотой сбоев в обратной транскрипции. 1
• Индуцированные мутации. 1 Их вызывают различные химические агенты и УФ-облучение (у ДНК-содержащих вирусов). 1

Также мутации могут возникать из-за ошибок работы ферментов, создающих копии геномов, или под действием среды. 3

Ещё мутация вирусов может происходить в результате химических изменений цистронов или нарушения последовательности их расположения в структуре молекулы вирусной нуклеиновой кислоты. 2