Неправильное применение инбридинга может привести к негативным последствиям для старых пород собак и кошек. 46

У собак неверное применение инбридинга ведёт к ослаблению конституции, утончению скелета, уменьшению роста, снижению иммунитета и плодовитости вплоть до полного бесплодия. 4 В ряде случаев снижается жизнеспособность, и появляются различные уродства. 4

У кошек при инбридинге все скрытые в генотипе рецессивные аллели наследственных болезней «выходят наружу». 2 Это приводит к генетическим мутациям и заболеваниям, появлению нежизнеспособного потомства и даже к мертворождению. 6

Вымирание отдельных пород вероятно, если нездоровые тенденции разведения продолжаются на протяжении многих поколений. 1 Это связано с тем, что снижение генетического разнообразия может помешать популяции справиться с новыми воздействиями окружающей среды, например, с инфекционным заболеванием. 1

Однако стоит отметить, что вымирание конкретной линии не является неотъемлемым спутником всякого инбридинга, оно вероятно при определённых условиях. 4