Принцип комплементарности — это взаимное соответствие молекул биополимеров или их фрагментов, обеспечивающее образование связей между пространственно взаимодополняющими (комплементарными) фрагментами молекул или их структурных фрагментов вследствие супрамолекулярных взаимодействий (образование водородных связей, гидрофобных взаимодействий, электростатических взаимодействий заряженных функциональных групп и т. п.). 4

В молекулярной биологии принцип комплементарности описывает взаимосвязь между двумя структурами, каждая из которых соответствует принципу «замок-ключ». 3 Согласно этому принципу, молекула ДНК состоит из двух полинуклеотидных цепей, соединённых между собой азотистыми основаниями. 2 При этом аденин одной цепи всегда взаимодействует с тимином в другой, и наоборот. 2 Точно так же гуанин одной цепи всегда связан с цитозином в другой. 2

Этот принцип играет важную роль в репликации ДНК, закладывая основу наследственности, объясняя, как генетическая информация может передаваться следующему поколению. 3