Предположение, что эукариоты — результат симбиоза различных древних одноклеточных организмов, подтверждается следующими фактами:

• Митохондрии и пластиды эукариотической клетки являются потомками симбиотических бактерий (альфапротеобактерий и цианобактерий соответственно). 4 Они содержат свои собственные хромосомы и размножаются путём разделения надвое, параллельно, но отдельно от полового размножения остальной клетки. 2
• Хромосомы некоторых митохондрий и пластид представляют собой одиночные кольцевые молекулы ДНК, подобные кольцевым хромосомам бактерий. 2
• Транспортные белки, называемые поринами, находятся во внешних мембранах митохондрий и хлоропластов, а также в мембранах бактериальных клеток. 2
• Геном эукариот имеет химерное происхождение: часть генов досталась им от архей, другая — от бактерий. 4 Гены архейного происхождения выполняют в эукариотической клетке в основном «центральные» функции (такие как работа с генетической информацией и синтез белка), гены бактериального происхождения — в основном «периферические» (обмен веществ, взаимодействие с внешней средой). 4