Если в проекте используется несколько модулей JavaFX, при настройке сборки нужно учитывать, что каждый модуль должен быть упакован в отдельный JAR-файл, так как в одном JAR-файле может быть только один модуль. 4

Некоторые варианты, которые можно рассмотреть:

• Создание архива с приложением и библиотеками в отдельном каталоге. 2
• Создание единого JAR-файла, который включает весь зависимый код. 2
• Использование упакованной JRE. 2
• Создание образа для запуска с кодом и библиотеками, который использует только необходимые части модулей JRE и JavaFX (с помощью jlink). 2
• Использование нативного установщика (с помощью jpackage и инструмента для создания нативного установщика, например WIX, RPM, DEB). 2

Выбор подхода зависит от требований проекта и может потребовать дополнительных исследований. 2