Систематика и филогения различаются по предмету изучения и целям.

Систематика — наука о многообразии видов и родственных связях между ними. 6 Её основные цели: описание и наименование таксонов — групп организмов, объединённых по общим признакам, диагностика — определение места организма в системе классификации, предсказание признаков организма на основе его принадлежности к определённому таксону. 3 В основе систематики лежат два принципа: бинарная номенклатура и иерархичность (соподчинённость). 6

Филогения — наука об историческом развитии мира организмов, их типов (отделов), классов, отрядов (порядков), семейств, родов, видов, а также отдельных органов. 4 Филогения рассматривает вопрос о происхождении организмов друг от друга. 4 Исследование филогенеза включает в себя выяснение происхождения, родственных связей и процессов исторических преобразований разных групп организмов. 7

Таким образом, систематика фокусируется на классификации и наименовании организмов, а филогения — на изучении эволюционных взаимоотношений и исторического развития видов.