Возможно, имелись в виду различия между научными организациями и научно-исследовательскими институтами (НИИ) в России.
Научные организации — это юридические лица или общественные объединения научных работников, которые в качестве основной деятельности осуществляют научную или научно-техническую деятельность, а также готовят научных работников. cyberleninka.ru strana-oz.ru К таким организациям относятся, например, образовательные учреждения высшего профессионального образования, опытно-конструкторские, проектно-конструкторские, проектно-технологические организации и другие. cyberleninka.ru strana-oz.ru
НИИ — это учреждения, созданные для проведения фундаментальных теоретических или прикладных экспериментальных исследований в определённых областях науки. bigenc.ru В России НИИ — основное наименование организаций, цель которых — фундаментальные академические исследования и разработки. bigenc.ru
Таким образом, различие заключается в том, что научные организации более общее понятие, а НИИ — конкретная форма организации научной деятельности.
При этом НИИ могут входить в состав научных организаций: например, в структуру Российской академии наук (РАН) или крупных вузов. cyberleninka.ru bigenc.ru Также НИИ могут работать в структуре министерств и ведомств. cyberleninka.ru