Прототрофные организмы отличаются от ауксотрофов способностью синтезировать питательные вещества. 14

Прототрофы способны самостоятельно синтезировать все необходимые для роста и выживания питательные вещества. 12 Они могут расти на минимальной среде, содержащей только неорганические соли, источник углерода и воду. 1

Ауксотрофы не способны синтезировать определённые необходимые питательные вещества и требуют их из окружающей среды. 16 Без добавления к питательным средам в небольших количествах факторов роста (витаминов, аминокислот, азотистых оснований и т. д.) ауксотрофы не растут. 6

Таким образом, основное отличие заключается в том, что прототрофы самодостаточны в синтезе питательных веществ, а ауксотрофы зависят от внешних добавок. 1