В природе рыбы-бабочки питаются различными организмами в зависимости от вида. 2

Пресноводная рыба-бабочка (Pantodon buchholzi), обитающая в стоячих водоёмах Западной и Центральной Африки, питается куколками комаров, личинками, мальками и насекомыми. 3 В погоне за ними она может пролететь над водой 2–3 метра. 3

Морские рыбы-бабочки, обитающие в коралловых рифах тропических широт, питаются мелкими ракообразными, беспозвоночными, водорослями и кусочками кораллов. 3 Некоторые виды также могут быть санитарами-чистильщиками: они снимают с других рыб остатки пищи и отмершие частицы кожи. 3