Вопросы к Поиску с Алисой
Внутренние и внешние ссылки при оформлении научных работ отличаются по месту расположения: dissertatsia.ru
Также существуют подстрочные ссылки, которые размещаются внизу страницы и уместны, когда автор работает с небольшим количеством материалов. sibac.info
Таким образом, основное отличие в том, что внутритекстовые ссылки входят в основной текст, а затекстовые и подстрочные размещаются отдельно от него.