Споры сосудистых и несосудистых растений отличаются по некоторым характеристикам:

• У сосудистых растений основным поколением или фазой является спорофит, который продуцирует споры и является диплоидным (имеющим два набора хромосом на клетку). 9
• У несосудистых растений основной фазой генерации является гаметофит, который продуцирует гаметы и является гаплоидным, с одним набором хромосом на клетку. 9

Кроме того, споры несосудистых растений обычно гаплоидные, в то время как споры сосудистых растений чаще всего диплоидные. 29

Ещё одно отличие заключается в том, что споры сосудистых растений могут быть подвижными и иметь жгутики для перемещения (зооспоры), а споры несосудистых растений — неподвижные (апланоспоры). 5