Основное отличие специальных информационных систем от типовых заключается в требованиях к безопасности обрабатываемых данных. 1

Типовые информационные системы — это системы, в которых нужно обеспечить только конфиденциальность персональных данных. 1 Для таких систем определены методы и способы защиты информации в зависимости от класса (чем выше класс, тем серьёзнее система защиты). 3

Специальные информационные системы — это системы, в которых, кроме конфиденциальности, нужно обеспечить защиту от хотя бы одной из следующих угроз: уничтожение, блокирование или изменение персональных данных. 3

К специальным системам относят, например, системы, в которых обрабатываются персональные данные первой (высшей) категории (информация о национальной и расовой принадлежности, о религиозных либо философских убеждениях, информация о здоровье и интимной жизни и другие сведения о субъектах, утечка которых может привести к серьёзным последствиям). 3 Также к специальным относят системы, в которых принятие юридически значимых решений в отношении субъектов персональных данных осуществляется в исключительно автоматизированном режиме. 3