Некоторые отличия конфокальных микроскопов от классических оптических:

• Источник света: в обычных микроскопах — ртутная или ксеноновая лампа, в конфокальных — лазер (в некоторых случаях — светодиодная лампа). 2 Лазерное излучение обеспечивает более эффективную работу оптической системы, снижает количество бликов и увеличивает точность фокусировки пучка света. 5
• Способ формирования изображения: в обычных микроскопах весь образец целиком освещается источником света, а изображение либо наблюдается визуально, либо проецируется на устройство регистрации изображения или фотоплёнку. 4 В конфокальных микроскопах освещение осуществляется сканированием всей поверхности образца одним или более сфокусированными лучами света. 4
• Возможность создания изображения: обычные микроскопы дают двумерное изображение, а конфокальные позволяют создавать серию оптических срезов, из которых формируется трёхмерная модель объекта. 1
• Наблюдение изображения: в обычных микроскопах объект можно увидеть в объективе устройства, а в конфокальных — только на экране компьютера. 2
• Обработка и хранение изображений: результаты исследования конфокальных микроскопов можно обработать с помощью специального программного обеспечения, сохранить в базе данных компьютера и провести необходимый анализ. 2