Некоторые отличия синтаксисов командных файлов в Windows и Linux:

• Регистр символов. 1 В командной строке Windows строчные и заглавные буквы воспринимаются одинаково, а при работе в командной строке Linux соблюдение регистра символов обязательно. 1
• Специальные символы. 1 В Linux набор спецсимволов зависит от используемой оболочки, и в любой из них спецсимволы используются чаще и их набор больше, чем в командной строке Windows. 1
• Файловая система. 5 Windows использует буквенные обозначения дисков и обратные косые черты в качестве разделителя каталогов, в то время как Linux использует древовидную структуру и косые черты. 5

При этом с появлением в Windows 10 Подсистемы Windows для Linux (WSL) пользователь получил возможность использовать в командной строке Windows команды оболочки Linux и создавать сценарии, в которых будут использоваться и команды CMD Windows, и команды оболочки Linux. 1