Чем отличаются школы, входящие в систему Министерства образования, от муниципальных?

Возможно, имелись в виду различия между муниципальной системой образования и учреждениями, которые не находятся в прямом ведении местного самоуправления, например, школами, подчинёнными Министерству образования.

Муниципальная система образования организована на территории муниципального образования и контролируется муниципальными властями. spravochnick.ru Она выступает в качестве части федеральной системы образования, но при этом обладает определёнными особенностями. spravochnick.ru На систему образования муниципального уровня влияет история развития муниципального образования и совокупность местных традиций. spravochnick.ru

Учреждения, не находящиеся в прямом ведении местного самоуправления, могут включать, например: дошкольные образовательные учреждения, находящиеся на балансе предприятий и организаций; общеобразовательные учреждения областного подчинения; ведомственные учреждения начального, среднего и высшего профессионального образования; государственные вузы Министерства образования и науки РФ и их филиалы. superinf.ru

Таким образом, основное отличие заключается в уровне управления и ведения: муниципальная система образования ориентирована на удовлетворение потребностей населения в образовательных услугах на территории конкретного муниципального образования, а учреждения, не находящиеся в прямом ведении местного самоуправления, подчиняются другим структурам и имеют свои особенности.