Rho-зависимые терминаторы отличаются от Rho-независимых тем, как они функционируют. 14

Rho-зависимые терминаторы работают при участии особого белка — Rho-фактора, который разрушает комплекс ДНК, мРНК и РНК-полимеразы. 12 Такие терминаторы находятся ниже стоп-кодона, на котором завершается трансляция, и представляют собой неструктурированные, обогащённые цитозином последовательности в мРНК. 12

Rho-независимые терминаторы не требуют дополнительных белковых факторов и зависят от специфической последовательности, кодируемой в матрице ДНК. 5 Такие терминаторы формируют шпильки в структуре синтезирующегося транскрипта, которые при столкновении с РНК-полимеразой вызывают диссоциацию комплекса ДНК, мРНК и РНК-полимеразы. 12

Таким образом, Rho-зависимые терминаторы требуют участия белка Rho, а Rho-независимые — специфической последовательности в матрице ДНК. 5