Рекомбинация и репарация ДНК отличаются по целям и механизмам процессов.

Рекомбинация ДНК — это реорганизация генетического материала, обусловленная обменом отдельными сегментами двойных спиралей ДНК, приводящая к возникновению новых комбинаций генов. 1 Рекомбинация приводит к генетической изменчивости и является главным фактором непостоянства генома, основой большинства его изменений, которые обусловливают естественный отбор, микро- и макроэволюции. 1

Репарация ДНК — это совокупность протекающих в клетке процессов, направленных на устранение повреждений в геноме. 3 Репарация устраняет повреждения молекул ДНК, предотвращая образование наследственно закреплённых нарушений генетического материала — мутаций. 4

Таким образом, рекомбинация ДНК связана с возникновением новых комбинаций генов и генетической изменчивостью, в то время как репарация ДНК направлена на восстановление структуры молекулы и устранение повреждений.