Основные отличия разных версий GCC друг от друга заключаются в том, что в основных версиях добавляются новые функции, а во второстепенных — исправляются ошибки. 1 Если ошибка обнаружена в более ранней основной версии, для её исправления выпускается новая второстепенная версия. 1

Например, в версии GCC 4.5 впервые представлена опция '-march=atom'. 2 В версии 4.6 улучшены эвристики для подстановки функций (inline) и появилась возможность улучшить производительность за счёт появившейся опции '-ftree-loop-if-convert'. 2 В версии 4.7 при включённой '-march=atom' появились новые специфичные для Atom оптимизации, в частности, улучшающие работу инструкций LEA и IMUL. 2

Также разные версии GCC могут быть несовместимы, так как в комплекте каждого идут свои библиотеки и заголовочные файлы. 5