Некоторые отличия различных типов озёрных экосистем:

• Структура. 1 Озёра обычно делятся на три зоны: прибрежную (мелководную) вблизи берега, зону открытой воды и глубоководную. 1 В зоне открытой воды (фотической зоне) солнечный свет поддерживает фотосинтезирующие водоросли и виды, которые ими питаются. 1 В глубоководной зоне солнечный свет недоступен, и пищевая сеть основана на детрите, поступающем из прибрежной и фотической зон. 1
• Температурный режим. 2 В неглубоких водоёмах часто наблюдается непрерывный температурный градиент от более тёплых вод на поверхности к более холодным водам на дне. 1 В больших озёрах температурные режимы могут отличаться. 2
• Наличие компенсационного уровня. 4 Под ним понимается минимальная глубина, куда проникает свет, необходимый для растений. 4 Место компенсационного уровня зависит от качества воды, её чистоты, прозрачности и других свойств. 4

Также озёрные экосистемы можно разделить на микроэкосистемы (простейшие, представлены каплей воды из озера), мезоэкосистемы (озера разного размера) и макроэкосистемы (крупные водоёмы). 4