Протоптеры отличаются от других видов двоякодышащих рыб, например чешуйчатников, количеством жаберных дуг и щелей. 7 У протоптеров 6 жаберных дуг и 5 жаберных щелей, в то время как у чешуйчатников — всего 5 жаберных дуг и 4 жаберные щели. 7

Ещё одно отличие протоптеров — способность впадать в спячку при пересыхании водоёма, зарываясь в грунт. 13 Обычно это происходит ежегодно, при пересыхании водоёмов в сухой сезон, при этом рыбы проводят в спячке несколько месяцев до наступления сезона дождей, хотя в случае длительных засух могут прожить без воды долгое время — до 4 лет. 1

В отличие от протоптеров, основой энергетического обмена в период спячки у чешуйчатника служат запасы накопленного жира. 5