Представители разных отрядов жгутиконосцев отличаются по ряду признаков:

• Форма тела. 1 Она может быть яйцевидной, цилиндрической, шаровидной, бутылковидной и т. п.. 1
• Состав оболочки. 1 У форм, относящихся к разным отрядам, оболочка может состоять из хитиноидного органического вещества, студенистого вещества (у многих колониальных видов) или клетчатки (у растительных жгутиконосцев). 1
• Число и форма жгутиков. 2 У разных отрядов жгутиконосцев могут быть один, два, четыре, восемь и более жгутиков, а также добавочные органеллы движения. 12
• Способ питания. 34 Среди представителей группы есть гетеротрофы, автотрофы (фототрофы) и миксотрофы, сочетающие животный и растительный способы питания. 3