Чем отличаются подкаталоги от обычных каталогов в файловой структуре?

Возможно, имелись в виду различия между корневым каталогом и подкаталогами.

Корневой каталог — верхний уровень файловой системы, содержащий все остальные каталоги и файлы. ru.ruwiki.ru

Подкаталог — это каталог, расположенный внутри другого каталога, то есть на уровень ниже. tpt.tom.ru ru.ruwiki.ru В любом подкаталоге можно создавать следующие подкаталоги. tpt.tom.ru

Таким образом, основное отличие в том, что корневой каталог — это общий каталог, а подкаталоги — это разделы внутри него, которые образуют иерархическую структуру папок. tpt.tom.ru ru.ruwiki.ru