Почвенные грибы обитают в почве и участвуют в минерализации органического вещества и образовании гумуса. 68 В этой группе выделяют грибы, попадающие в почву только в определённые периоды жизни, и грибы ризосферы растений, живущие в зоне их корневой системы. 68

Водные грибы живут в водной среде, развиваясь на живых и мёртвых органических субстратах всех типов, находящихся в водоёмах. 57 Среди них можно выделить сапрофиты, живущие на растительных остатках, паразиты водных животных и растений, а также грибы, вызывающие обрастания деревянных частей судов, пристаней и т. п.. 68

Таким образом, основное отличие заключается в среде обитания: почвенные грибы живут в почве, а водные — в водной среде.