Пигменты цианобактерий отличаются от хлорофиллов других водорослей наличием фикобилинов. 13

Хлорофиллы интенсивно поглощают красный и синий свет, а зелёный отражают. 1 У разных водорослей различные типы хлорофиллов: у высших растений, зелёных и эвгленовых водорослей — хлорофилл b, у бурых и диатомовых водорослей — хлорофилл с, а у красных водорослей — хлорофилл d. 1

Цианобактерии наряду с хлорофиллом а содержат фикобилины — красные или синие пигменты. 2 Они способны поглощать зелёный, синий и фиолетовый свет, проникающий в глубину морей и океанов. 1